Psykoanalyyttisessä psykoterapiassa terapeutti käyttää analyyttistä työskentelymenetelmää, jossa pyritään tuomaan yksilön tiedostamattomat tai useimmiten lapsuudessa tukahdetut ajatukset, kokemukset ja tunteet tietoiseen mieleen. Käsittelemällä piilotajunnassa olevia kokemuksia ja tunteita ymmärrämme miten ne vaikuttavat yksilön haitalliseen ajattelutapaan ja käytökseen aikuisena. Terapia tapahtuu keskustelemalla ja hoitomenetelmänä voidaan käyttää esimerkiksi vapaan assosiaation menetelmää, jossa terapeutti mainitsee sanan ja asiakas kertoo mitä hänelle tulee siitä mieleen. Terapeutti etsii asiakkaan ajatusvirrasta asioita, jotka toistuvat usein sekä esittää huomioita ja kuvauksia, jotka auttavat lisäämään asiakkaan itseymmärrystä. Tämä terapiamuoto soveltuu masennuksen, henkisen trauman, pakko-oireisen käytöksen, ihmissuhdeongelmien ja erilaisten persoonallisuushäiriöiden hoitamiseen. Psykoanalyyttinen terapia on psykodynaamiseen terapiaan verrattuna tiheämpää.
